La existencia del Instituto Electoral de Querétaro emana de lo dispuesto por el Artículo 15 de la Constitución Política del Estado de Querétaro  Arteaga, y su funcionamiento está regulado por la Ley Electoral del Estado. A la par con responsabilidades vinculadas con la construcción de la democracia como forma cotidiana de vida, una de las tareas fundamentales del Instituto consiste precisamente en disponer todo lo necesario para que periódicamente se celebren elecciones libres, transparentes y confiables para la renovación de los poderes sujetos a elección popular, esto es, la Gubernatura del Estado, cada seis años; la renovación de la Legislatura del Estado y la elección de los 18 Ayuntamientos, cada tres años. A este órgano se le transfirieron atribuciones que hasta 1996 recaían en los poderes Ejecutivo y Legislativo del Estado, así como en los Ayuntamientos.

Para garantizar el cumplimiento de sus tareas, la ley y los reglamentos internos determinan las estructuras que conforman el Instituto Electoral de Querétaro, así como sus respectivas atribuciones. Su máximo órgano de dirección es el Consejo General, un cuerpo colegiado que tiene su domicilio en la capital del estado. La estructura operativa está encabezada por una Dirección General, dos direcciones ejecutivas y dos órganos técnicos.

Durante el proceso electoral funcionan los Consejos Distritales y Municipales y las Mesas Directivas de Casilla, que se integran para conocer y resolver todo lo relativo al derecho de los ciudadanos a elegir a sus autoridades de manera libre, directa y secreta.