Fue creado mediante decreto de la LI Legislatura del Estado de Querétaro, tras la reforma del artículo 15 de la Constitución Política del Estado de Querétaro Arteaga. Su funcionamiento está regulado por la Ley Electoral del Estado de Querétaro.
Es autónomo e independiente y está dotado de personalidad jurídica y patrimonio propio.
Es un órgano ciudadanizado, cuyas decisiones son tomadas por ciudadanos sin filiación política, designados por la Legislatura del Estado.
El Artículo 56 de la Ley Electoral del Estado de Querétaro señala los fines para los cuales el Instituto fue creado:
Contribuir al desarrollo de la vida democrática de los ciudadanos residentes en el Estado.
Preservar el fortalecimiento del régimen de partidos políticos.
Garantizar y difundir a los ciudadanos residentes en el Estado, el ejercicio de los derechos político-electorales y la vigilancia en el cumplimiento de sus obligaciones.
Velar por la autenticidad y efectividad del sufragio.
Promover el fortalecimiento de la cultura política y democrática de la sociedad queretana, a través de la educación cívica y la capacitación electoral.
Garantizar la celebración periódica y pacífica de las elecciones para renovar al titular del Poder Ejecutivo y a los integrantes del Poder Legislativo y los Ayuntamientos del Estado.
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